掃描槍使用專用的條碼掃描引擎，掃描后的解碼速度為毫秒級，遠遠高于手機的解碼速度；另外兩者瞄準方式也有本質的區別，條碼掃描槍的瞄準方式叫外瞄準，扣扳機后會有瞄準框對準條碼，而手機則是要在屏幕上把條碼擺正位置，操作起來沒有二維掃描槍便捷迅速。
一、設計上的區別
掃描槍是專門用來掃描解析條碼（一維碼、二維碼）的，只可以做這一件事。手機中掃描二維碼功能只是其眾多功能的一個。一個是專業的，一個是業余的。
二、解碼上的區別
掃描槍一般都是硬件解碼，解碼速度都是毫秒級別的，有專門的解碼芯片在里面；手機掃描二維碼，首先是相機拍照，然后內置的解碼軟件針對所拍到的照片進行解碼，然后進行輸出，這個過程所用的時間肯定是遠遠多于掃描槍的。
三、應用場景不同
掃描槍一般都是商業/工業用途，比如超市、工廠、庫房、物流等，對掃描速度、掃描精度都有一定要求；而掃描槍基本都有焦點或者瞄準框讓你準確定位二維碼；手機則沒有精確的自動瞄準框，需要手動對準二維碼，在掃描速度上、二維碼定位上是遠遠比不過掃描槍的，手機只適合偶爾使用。
四、通信協議不同
掃描槍基本都支持USB口，RS232串口/TTL，網口通信，基本上所有的用到掃描槍的應用軟件都是用這幾種通信協議的，解碼結果直接輸出到應用軟件上。如超市收銀、生產廠家追溯系統、物流倉儲系統、出入庫系統等。手機掃描后的結果只顯示到你手機屏幕上，或者只能和你手機上的APP進行通信互動，要想和PC或其他設備進行通訊，這個中間所做的工作量就太大了，基本沒人這么用，費力不討好。所以未來手機掃描軟件不可能代替掃描槍。
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